簡単に説明すると、入力と出力の数が違います。
SL1は4ｃｈ（ステレオ2系統）IN-OUT
SL3は6ｃｈ（ステレオ3系統）IN-OUT

音質も24bitに対応してるみたいなので向上してると思われます。

追記です。
新しいバージョン（１．９）はサンプラー機能が付いていますので、
そのサンプラー出力用に独立したチャンネルが用意された感じです。

他には、THROUGH出力の扱いが変わりました。
接続が多少楽になります。

また、マイク入力は省略され、無くなくなりました。

アース端子が付加されていることと、USB入力のコネクタが改良されたこと、及びアンプ全体がコンパクト化されたことなど、いくつか相違点があります。

もうひとつありました。
SL-1はUSB 1.1でしたが、SL-3はUSB 2.0対応になっています。